El fenómeno del color que distingue a los caballos pintados se encuentra en la base genética del caballo primitivo que existía desde la prehistoria. Llegaron a América acompañando a los exploradores del Nuevo Mundo. Muchos de los caballos que sobrevivieron al viaje escaparon, se perdieron o fueron robados por gente nativa, cautivados por el patrón de su pelaje pintado. A finales del siglo XVIII la gran mayoría de las tribus indias americanas del noroeste del Pacífico ya tenían experiencia trabajando con caballos. Sin embargo, una tribu originaria de los estados de Oregon y Washington, los Nez Perce, se destacó como expertos jinetes y criadores de estos caballos, llevando adelante una selección de cría eligiendo caballos fuertes, dóciles y resistentes.  

Los caballos desarrollaron piernas fuertes, cascos más resistentes, la crin y la cola se tornaron escasas y las manchas del pelaje sirvieron para camuflarse de predadores y enemigos haciéndolos más difícil de atrapar. En 1800 los colonos iniciaron las expediciones al Oeste donde vieron los caballos de los Nez Perce a quienes llamaron caballo Palouse haciendo referencia al río Palouse de esa región. A mediados del Siglo XIX el Gobierno de los Estados Unidos tomó las tierras del Oeste liderando guerras con varias tribus nativas pero los Nez Perce fueron los más difíciles de atrapar debido a la resistencia de sus caballos. Finalmente en 1877 la Caballería los alcanzó y mataron un gran número de caballos Palouse o Appaloosa como fueron llamados después de la transformación de su nombre original. Algunos caballos lograron escapar a las montañas donde colonos y campesinos los conservaron en secreto. Otros fueron cruzados con razas pesadas o pequeñas. 

En 1938 se forma una asociación, el Appaloosa Horse Club, con el fin de conservar estos caballos casi extintos estableciendo un programa de mejora de la raza a través de cruzamiento con caballos Cuarto de Milla, Sangre Pura de Carrera y Árabe. Así obtuvieron el Appaloosa actual: un caballo colorido, noble, inteligente y versátil. Además de su colorido pelaje, estos caballos tienen otras tres características: En el hocico, alrededor de los ojos y en el área genital tienen piel moteada con áreas oscuras intercaladas con áreas rosadas. Esclerótica blanca similar al ojo humano. Cascos rayados verticalmente con líneas, principalmente en las patas oscuras.